അതേസമയം, മദ്രസകൾക്കെതിരായ ബാലാവകാശ കമ്മീഷൻ നിർദേശവും കമ്മീഷൻ്റെ കത്തിൻ്റെ അടിസ്ഥാനത്തിലുള്ള തുടർ നടപടികളും സുപ്രീം കോടതി സ്റ്റേ ചെയ്തിരുന്നു. വിഷയത്തിൽ കേന്ദ്ര-സംസ്ഥാന സർക്കാരുകൾക്ക് കോടതി നോട്ടീസ് അയക്കുകയും ചെയ്തിരുന്നു. യുപി സർക്കാരിന്റെ നടപടി ചോദ്യം ചെയ്ത് ജംഇയ്യത്തൽ ഉലമ ഹിന്ദാണ് സുപ്രീം കോടതിയെ സമീപിച്ചത്. രാജ്യത്തെ മദ്രസ ബോർഡുകൾ നിര്ത്തലാക്കണമെന്നും വിദ്യാഭ്യാസ അവകാശ നിയമം ലംഘിക്കുന്ന മദ്രസകൾ അടച്ചു പൂട്ടണമെന്നുമായിരുന്നു ദേശീയ ബാലാവകാശ കമ്മീഷന്റെ ശുപാർശ. മദ്രസകളിൽ ഭരണഘടന ലംഘനം നടക്കുന്നു എന്ന് ചൂണ്ടിക്കാട്ടുന്ന റിപ്പോർട്ട് കമ്മീഷൻ സംസ്ഥാന ചീഫ് സെക്രട്ടറിമാർക്ക് അയച്ചിരുന്നു. മദ്രസകൾക്ക് സഹായം നൽകുന്നില്ലെന്ന കേരളത്തിന്റെ വാദം ബാലാവകാശ കമ്മീഷൻ തള്ളുകയും ചെയ്തിരുന്നു. നേരിട്ടല്ലാതെ ധനസഹായം സർക്കാർ നൽകുന്നുണ്ടെന്നായിരുന്നു കമ്മീഷൻ ചെയർപേഴ്സൺ പ്രിയങ്ക് കനുംഗോയുടെ ആരോപണം.
ബാലാവകാശ കമ്മീഷൻ തയ്യാറാക്കിയ റിപ്പോർട്ടിൽ മദ്രസകളിലെ വിദ്യാഭ്യാസത്തിനെതിരെ വലിയ വിമർശനമാണ് ഉന്നയിച്ചിരുന്നത്. ഇസ്ലാമിക ആധിപത്യമാണ് മദ്രസകളിൽ പഠിപ്പിക്കുന്നതെന്ന് 71 പേജുകളുള്ള റിപ്പോർട്ടിൽ പറയുന്നു. മദ്രസ വിദ്യാഭ്യാസം മതേതര മൂല്യങ്ങൾക്ക് എതിരാണ്. ബീഹാറിലെ മദ്രസകളിൽ പഠിപ്പിക്കുന്നത് പാകിസ്ഥാനിലെ പുസ്തകങ്ങളാണെന്ന ഗുരുതരമായ ആരോപണവും റിപ്പോർട്ടിലുണ്ടായിരുന്നു. മദ്രസകളിലെ പുസ്തകങ്ങളിൽ അംഗീകരിക്കാൻ കഴിയാത്ത ഉള്ളടക്കം ഉണ്ടെന്നും പരിശീലനം കിട്ടാത്ത അദ്ധ്യാപകരാണ് മദ്രസകളിലുള്ളതെന്നും കമ്മീഷന്റെ റിപ്പോർട്ടിലുണ്ട്.
യൂണിഫോം, പുസ്തകങ്ങൾ, ഉച്ചഭക്ഷണം തുടങ്ങിയ അവകാശങ്ങൾ മദ്രസകൾ ലംഘിക്കുന്നുവെന്ന് ബാലാവകാശ കമ്മീഷന്റെ റിപ്പോർട്ടിൽ പറയുന്നു. ഹിന്ദുക്കളെയും മറ്റ് മുസ്ലിം ഇതര കുട്ടികളെയും മദ്രസകളിൽ നിന്ന് ഉടൻ മാറ്റണം. മുസ്ലിം കുട്ടികൾക്ക് മറ്റു സ്കൂളുകളിൽ നിന്ന് ഔപചാരിക വിദ്യാഭ്യാസം കിട്ടുന്നു എന്ന് ഉറപ്പാക്കണം. ചട്ടം പാലിക്കാത്ത എല്ലാ മദ്രസകളുടെയും അംഗീകാരം റദ്ദാക്കണം, മദ്രസ ബോർഡുകൾക്കുള്ള ധനസഹായം നിറുത്തണം തുടങ്ങിയ നിർദ്ദേശങ്ങളും കമ്മീഷൻ മുന്നോട്ടുവെച്ചിരുന്നു.