സംസ്ഥാനത്തെ സർവകലാശാലകളിൽ സർക്കാർ പദ്ധതി വിഹിതം നൽകുന്ന ഗവേഷണ പദ്ധതികൾ മുടങ്ങിയിട്ടില്ല. ഗവേഷണത്തിന്റെ ആവശ്യത്തിന് അനുസരിച്ച് ട്രഷറി അക്കൗണ്ടിൽനിന്ന് തുകയെടുക്കാൻ കഴിയുംവിധമാണ് ക്രമീകരണം. വാസ്‌തവം ഇതാണെന്നിരിക്കേയാണ്‌, ട്രഷറി നിയന്ത്രണം കാരണം സർവകലാശാലകൾക്ക് തുക ലഭിക്കുന്നില്ലെന്നും അതുവഴി ഗവേഷണ പദ്ധതികൾ പാതിവഴിയിൽ അവസാനിപ്പിക്കുന്നു എന്നും ഒരുവിഭാഗം മാധ്യമങ്ങൾ പ്രചരിപ്പിക്കുന്നത്‌.
ഗവേഷണത്തിന്റെ ഭാഗമായി പ്രവർത്തിക്കുന്ന റിസർച്ച് അസിസ്റ്റന്റുമാരുടെ വേതനവും ട്രഷറിയിൽനിന്നാണ് സർവകലാശാല ഉപയോഗിക്കുന്നത്. ധനവകുപ്പിന്റെ മുൻകൂർ അനുമതിയോടെയാണ് സർവകലാശാല ഒരുലക്ഷം രൂപയ്ക്ക് മുകളിലുള്ള ബില്ലുകൾ പിൻവലിക്കുന്നത്. ശമ്പള വിതരണം, ജീവനക്കാരുടെ പെൻഷൻ, പദ്ധതികളുടെ നടത്തിപ്പ് എന്നിവയെല്ലാം മുടക്കമില്ലാതെയും സമയബന്ധിതമായും സർവകലാശാലകൾ നടത്തുന്നുണ്ട്.
മുമ്പ്‌ സർക്കാർ പദ്ധതിവിഹിതം അനുവദിക്കുമ്പോൾ സർവകലാശാലവകുപ്പ് മേധാവികളുടെ പിഡി (പേഴ്സണൽ ഡെപ്പോസിറ്റ്) അക്കൗണ്ടിൽ തുക കൈമാറുകയായിരുന്നു പതിവ്. മാർച്ചുമുതലാണ് സർവകലാശാല അക്കൗണ്ടുകളും വകുപ്പ് മേധാവികളുടെ അക്കൗണ്ടും ട്രഷറിയിലേക്ക് മാറ്റിയത്. സെമിനാർ, സാധനങ്ങൾ വാങ്ങൽ എന്നിവയ്ക്ക് മുൻകൂറായി പണം അടയ്ക്കേണ്ട സാഹചര്യത്തിൽമാത്രമാണ് ട്രഷറി നിയന്ത്രണം സർവകലാശാലയെ ബാധിക്കുന്നത്. അതൊഴിവാക്കി ഇത്തരം സന്ദർഭങ്ങളിൽ തുക മുൻകൂറായി അനുവദിക്കുന്ന വിഷയം സർവകലാശാലകൾ സർക്കാരിനോട് ആവശ്യപ്പെട്ടേക്കും.